城門河及其相連河道受到各種污染。為了減少氣味、降低沉積物體積、污染物和毒性，以改善河道的狀況，項目應用生物技術處理河床中的沉積物。

項目內容包括在火炭明渠，小瀝源明渠和城門河進行生物修復處理逾23萬平方米深度逾1米的軟表層沉積物，並沿河疏挖超過17萬立方米污染物。該項目是當時世界上最大的生物修復項目，使用了3000多噸硝酸鹽，定制特別設計的海洋設備和專利注入設備。應用先進的生物技術，取得良好改善。